Het onderzoeksprogramma en onderwijs van Sander Begeer is gericht op de ontwikkeling, diagnostiek en behandeling van sociaal functioneren bij mensen met en zonder psychopathologie, in het bijzonder autisme.
Samen met de Nederlandse Vereniging voor Autisme heeft hij het Nederlands Autisme Register (NAR) opgericht, waarin wetenschappelijk onderzoek en belangenbehartiging is gecombineerd om samen met mensen met autisme te onderzoeken welke factoren bepalend zijn voor het welbevinden van mensen met autisme. Tevens is hij opleidingsdirecteur van de Research Master Clinical and Developmental Psychopathology.