De School der Geesteswetenschappen heeft drie wetenschappelijke afdelingen die zowel onderwijs verzorgen als onderzoek doen. Het wetenschappelijk personeel van de school is ingedeeld bij de drie afdelingen. De afdelingen worden geleid door een hoogleraar/afdelingshoofd.
De drie afdelingen zijn:
Taal, Literatuur en Communicatie
Afdelingshoofd: prof. dr. Martine Coene
Kunst en Cultuur, Geschiedenis, Oudheid
Afdelingshoofd: prof. dr. Gert Jan Burgers
Filosofie
Afdelingshoofd: prof. dr. Lieven Decock