In het Kooijmans Institute for Law and Governance is het onderzoek gebundeld van zes facultaire onderzoeksprogramma's.
De programma's hebben eigen onderzoekslijnen die aanhaken op het centrale thema Law and Governance. Het Kooijmans Instituut benadert juridische kwesties graag vanuit een internationale, transnationale of metajuridische invalshoek en zoekt in haar publicaties nadrukkelijk het internationale wetenschappelijke debat. Onderzoek dat binnen het Kooijmans Instituut wordt verricht, bevindt zich in het grensgebied van verschillende disciplines of van juridische subdisciplines, bijvoorbeeld op het snijvlak tussen publiek- en privaatrecht, omdat juist op de grenzen van disciplines en subdisciplines vernieuwende inzichten ontstaan.